5 апреля 2019 года Министр просвещения, науки и спорта Литвы подписал приказ о выдаче Европейскому гуманитарному университет нового разрешения № 3001 на осуществление учебной деятельности в сфере высшего образования. Одновременно было аннулировано старое разрешение, выданное 4 мая 2012 года. Одновременно с этим были зарегистрированы новые учебные программы первой и второй ступени обучения.
Начиная с 1 октября 2019 года, студенты, набранные в 2018 году и ранее, продолжат обучение в ЕГУ на новых содержательно преемственных программах, которые аккредитованы Центром оценки качества образования Литвы. Благодаря консенсусному соглашению, достигнутому между Университетом и Министерством просвещения, науки и спорта, студенты, обучавшиеся на старых программах до 5 апреля 2019 года смогут закончить 2018/19 учебный год по старым учебным планам, а пройденные курсы будут автоматически перезачтены при переходе на новые программы. Для этого, студентам необходимо до 12 сентября 2019 года подписать Дополнительные соглашения к Договору об оказании образовательных услуг.
Студенты, набранные в ЕГУ в 2019 году, поступают сразу на новые программы, которые были аккредитованы после 5 апреля 2019 года.
| Преемственность учебных программ | ||||||
| Ступень | До 5 апреля 2019 года | Начиная с 5 апреля 2019 года | ||||
| Бакалавриат | Программа | Направление | Группа направлений | Программа | Направление | Группа направлений |
| Визуальный дизайн и медиа (6121PX001) | Дизайн | Искусства | Визуальный дизайн (6123PX001) | Дизайн | Искусства | |
| Культурное наследие и туризм (6121NX004) | Науки о наследии | Гуманитарные науки | Европейское наследие (6121NX076) | Науки о наследии | Гуманитарные науки | |
| Медиа и коммуникация (6121JX007) | Коммуникация | Социальные науки | Медиа и коммуникация (6121JX076) | Коммуникация | Социальные науки | |
| Мировая политика и экономика (6121JX008) | Политические науки | Социальные науки | Мировая политика и экономика (6183JX001) | Политические науки | Социальные науки | |
| Непрерывное обучение | Международное право и право Европейского союза (6011KX001) | Право | Право | Международное право и право Европейского союза (6011KX005) | Право | Право |
| Магистратура | Историческое и культурное наследие (6211NX002) | Науки о наследии | Гуманитарные науки | Развитие культурного наследия (6211NX065) | Науки о наследии | Гуманитарные науки |
| Публичная политика (6211JX007) | Политические науки | Социальные науки | Публичная политика (6211JX103) | Политические науки | Социальные науки | |