Вдохновлённый моделью западного университета, проф. Михайлов был инициатором создания ЕГУ в Минске и с 1992 по 2014 год являлся первым Ректором университета. С 1 октября 2014 года проф. Михайлов занимал должность Президента ЕГУ.
По словам проф. Михайлова: «Никогда не мог себе представить в далёком 1992 году, что пребывание в непривычной для меня административной роли может затянуться на столь длительный срок. Моя первая настоятельная просьба об отставке с должности Ректора относится к 2001 году, когда я ощутил непосильный характер бремени сохранения этого нестандартного проекта в крайне неблагоприятных условиях. В то время, однако, было трудно предвосхитить весь драматизм воссоздания и существования ЕГУ в изгнании. Могу лишь сказать, что всякий раз возникали обстоятельства, которые предопределяли мое поведение по отношению к проекту».
«Полагаю, что в настоящее время, когда происходит очередной этап трансформации университета и его программ, наступил наиболее благоприятный момент для моего решения. Уверен, что потенциальные возможности нашего проекта далеко не исчерпаны в эпоху новых вызовов, стоящих перед современным гуманитарным образованием», – добавил проф. Михайлов.
Выражая искреннюю признательность и благодарность Основателю университета за посвящение себя становлению ЕГУ, Ректор проф. Сергей Игнатов отметил: «С глубоким уважением я признаю выдающийся вклад Анатолия Арсеньевича в развитие Университета и то глубокое влияние, которое он оказал на жизни тысяч людей разных возрастов Беларуси, Литвы и всего мира. Благодаря Анатолию Арсеньевичу и его тонкому философскому юмору в Университете сформировалась особая атмосфера настоящей европейской интеллектуальной жизни; осознание этого будет поддерживать нас и давать силы развивать наш общий проект».
Проф. Михайлов продолжит преподавание и исследовательскую деятельность в ЕГУ в качестве профессора философии. Среди сфер его научных интересов – феноменология, герменевтика и философия образования.
В 1966 году Анатолий Михайлов получил степень доктора философии в Йенском университете им. Фридриха Шиллера (Германия). Проф. Михайлов является членом Национальной академии наук Беларуси и Европейской академии наук и искусств.
В 2003 году Анатолий Михайлов был удостоен степени офицера Ордена Академических пальм Франции, в 2004 году награжден престижной наградой Германии – Медалью Гёте, в 2007 году – демократической премией американского Фонда имени Иона Ратиу, а в 2008 году – командорским крестом ордена «За заслуги перед Литвой». В 2019 году проф. Михайлов стал Почётным доктором Российского государственного педагогического университета им. А.И. Герцена.