Предоставление специального статуса стало возможным благодаря поправкам, внесённым в мае 2018 года в Закон Литвы о науке и высшем образовании. Согласно Закону, Правительство может устанавливать специальные условия по оценке учебных направлений, реальных ресурсов и по проведению внешней институциональной оценки для университетов, наделенных специальным статусом. Помимо этого Правительство устанавливает условия работы университетов, которые наделены специальным статусом.
Будучи единственным частным белорусским университетом, ЕГУ был насильственно закрыт в Минске летом 2004 года властями Беларуси. Благодаря поддержке международного сообщества доноров и приглашению Правительства Литвы, ЕГУ восстановил свою деятельность в Вильнюсе осенью 2005 года.
