Академическое сообщество ЕГУ убеждено в том, что аудит является ключевым инструментом обеспечения прозрачности и устойчивости операционной деятельности и развития внутриуниверситетской системы управления и бухгалтерского учёта. Независимые аудиты в сфере менеджмента и учёта проводятся в регулярном порядке с момента восстановления деятельности ЕГУ в Вильнюсе в 2006 году. Подобные аудиты соответствующим образом утверждаются управляющими органами и сообществом доноров университета.
В октябре 2015 г. компания Deloitte Lithuania представила черновой проект аудиторского отчёта, который, к сожалению, был подготовлен без проведения должных консультаций с председателем или заместителем председателя Управляющего совета ЕГУ. Если бы такие консультации всё же имели место, аудиторам стало бы известно, что указанные в проекте отчёта «внешние выплаты» фактически являлись компенсацией за конкретные профессиональные перемещения и жилищные расходы, понесённые руководством университета, что было признано в последующем процессе аудита Deloitte Lithuania. По этой причине черновой проект отчёта являлся неполным и содержал ряд противоречивых утверждений. В ближайшем будущем обновлённая и исправленная версия аудиторского отчёта ожидается быть представленной к публикации, с чем рассчитывает должным образом ознакомиться и сообщество ЕГУ.
Всего за 2015-16 академический год было проведено 3 внешних аудита, которые были инициированы как самим университетом, так и его донорами. Наиболее актуальным и высокопрофессионально выполненным является аудиторский отчёт компании KPMG Sweden, который был осуществлён по заказу Шведского агентства по международному развитию и сотрудничеству в январе 2016 г. Данный отчёт представляет собой конструктивные рекомендации, направленные на устранении существующих недостатков в работе университета и обеспечении его дальнейшего развития ЕГУ.