Рекомендации по реорганизации академической и административной структуры ЕГУ были представлены в выводах доклада экспертов Swedish Development Advisers (SDA), назначенных Шведским агентством международного сотрудничества в области развития для оценки нынешнего административного устройства Университета. Соответствующие оценки систем управления ЕГУ были проведены экспертами SDA в начале 2016 года, что привело к изменению состава Управляющего совета и обновлению состава Общего собрания соучредителей ЕГУ.
По словам председателя Управляющего совета ЕГУ Пера Карлсена: «Обновляя административную и академическую структуру ЕГУ, Управляющий совет реагирует на ожидания и запросы сообщества доноров Университета по отношению к обеспечению ещё более эффективной работы ЕГУ. Управляющий совет рассчитывает на то, что новая академическая и административная структура будет способствовать совместной работе и междисциплинарному сотрудничеству между преподавателями и сотрудниками ЕГУ».
Благодаря реформированию административной структуры будет обеспечено более благоприятное соотношение между административным персоналом и преподавательским составом. Также дополнительное сбережение средств будет обеспечиваться за счет слияния и реконфигурации нынешних административных единиц, находящихся в подчинении Ректора. Четыре академических департамента и два академических центра, а также Медиа лаборатория будут преобразованы в Академический департамент социальных наук и Академический департамент гуманитарных наук и искусств. Центр заочного обучения и библиотека будут интегрированы в Отдел академического развития. Кроме того, студенты смогут испытать все преимущества взаимодействия со Студенческой службой по принципу одного окна по всем визовым вопросам, проживанию и социальной активности. Отделы финансов и персонала окажутся в непосредственном подчинении Ректору.
После осуществления организационной реформы, а также переезда Университета в бывший Августинский монастырь в Старом городе Вильнюса и внедрения новой информационной системы, руководство ЕГУ рассчитывает на ежегодную экономию средств бюджета в размере 300 000 евро.
